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Gli ambienti desktop moderni permettono di usare insiemi di configurazione alternativi (o di combinare diversi insiemi di configurazione).

Il fatto che gli ambienti desktop e freedesktop usano ciascuno un modo diverso di attivare e disattivare questi insiemi di configurazione è un problema.

Ciò lascia aperta la questione della creazione di questi insiemi di configurazione, ma rende più facile, per diverse concezioni di quali dovrebbero essere le impostazioni predefinite, coesistere e competere per una fetta di mercato.

Guardare i file in /etc, alcuni Desktop Environment permettono di preconfigurare proxy, javascript, regole per i cookie, ecc... Per KDE si può fare riferimento alla pagina http://techbase.kde.org/SysAdmin per maggiori informazioni sulla configurazione, compreso come rendere le impostazioni non modificabili dagli utenti.

Installazione di icone

Quando un programma viene installato, può copiare un file nomeprogramma.desktop in /usr/share/applications. Ciò è sufficiente per ottenere un'icona di avvio nel pannello del desktop ed una voce di menu del desktop, indipendentemente dal window manager (Xfce, GNOME o KDE).