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Comment: SoftwareLiberation
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* ''Pour transmettre les modifications, vous devez rejoindre le projet [[https://alioth.debian.org/projects/webwml/|webwml]] sur Alioth'' * '''Les projets Alioth concernés''' : * ''http://alioth.debian.org/projects/debian-med'' * La politique du groupe : http://debian-med.alioth.debian.org/docs/policy.html * ''http://alioth.debian.org/projects/blends'' |
* ''Pour transmettre les modifications, vous devez rejoindre le projet [[https://salsa.debian.org/webmaster-team/webwml|webwml]] sur Salsa'' * '''Les projets Salsa concernés''' : * ''https://salsa.debian.org/med-team/'' * La politique du groupe : https://med-team.pages.debian.net/policy/ * ''https://blends.debian.org/blends'' |
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* '''Nous sommes fiers des''' : ''[[http://debian-med.alioth.debian.org/tasks|paquets existants et à venir]]'' * '''Voir notre activité en temps réel''' : ''[[http://debian-med.alioth.debian.org/|la page des développeurs Debian Med]]'' * '''Bogues des paquets de Debian Med''' : ''http://debian-med.alioth.debian.org/bugs'' |
* '''Nous sommes fiers des''' : ''[[https://blends.debian.org/med/tasks|paquets existants et à venir]]'' * '''Bogues des paquets de Debian Med''' : ''https://blends.debian.org/med/bugs'' |
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Du développeur à l'utilisateur, il existe une nombre important de tâches qui peuvent accueillir des participants. Tout d'abord, nous devons rester informés du paysage informatique en biologie et médecine. Les logiciels à empaqueter sont choisis en fonction de critères tels que les besoins des utilisateurs et l'uniformité de la distribution. Une fois dans Debian, leur qualité est surveillée et leurs bogues sont corrigés, si possible en collaboration avec le(s) mainteneur(s) original(aux). Tout ce travail ne serait pas très utile s'il restait confidentiel. Nous consacrons également du temps pour présenter le projet grâce au site http://www.debian.org ainsi que du temps pour faciliter l'intégration de nouveaux membres grâce à ce wiki. | Du développeur à l'utilisateur, il existe une nombre important de tâches qui peuvent accueillir des participants. Tout d'abord, nous devons rester informés du paysage informatique en biologie et médecine. Les logiciels à empaqueter sont choisis en fonction de critères tels que les besoins des utilisateurs et l'uniformité de la distribution. Une fois dans Debian, leur qualité est surveillée et leurs bogues sont corrigés, si possible en collaboration avec le(s) mainteneur(s) original(aux). Tout ce travail ne serait pas très utile s'il restait confidentiel. Nous consacrons également du temps pour présenter le projet grâce au site https://www.debian.org ainsi que du temps pour faciliter l'intégration de nouveaux membres grâce à ce wiki. |
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Si vous souhaitez aider à rendre les logiciels de médecine et de biologie disponible aux utilisateurs Debian, merci de nous contacter sur la liste debian-med@lists.debian.org. Les étapes suivantes sont décrites de façon plus complète dans notre [[http://debian-med.alioth.debian.org/docs/policy.html|document de politique d’équipe]] qui décrit le flux de travail dans notre équipe et devrait vous guider étape par étape dans les règles que nous avons convenu. | Si vous souhaitez aider à rendre les logiciels de médecine et de biologie disponible aux utilisateurs Debian, merci de nous contacter sur la liste debian-med@lists.debian.org. Les étapes suivantes sont décrites de façon plus complète dans notre [[https://med-team.pages.debian.net/policy/|document de politique d’équipe]] qui décrit le flux de travail dans notre équipe et devrait vous guider étape par étape dans les règles que nous avons convenu. |
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Il existe une [[https://wiki.debian.org/DebianMed/Developers|liste de développeurs Debian Med actifs]] comprenant des données sur la motivation et l'activité dans le projet. |
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* un [[http://alioth.debian.org/projects/debian-med/|Projet Debian Med Alioth]] qui contrôle l'accès à un dépôt subversion (svn) à svn://svn.debian.org/svn/debian-med/ ([[http://svn.debian.org/wsvn/debian-med|web svn]]) * [[http://debian-med.alioth.debian.org|Rapport d'avancement]] sur le dépôt svn * Une page spécifique est disponible pour [[DebianScienceSampleLetter|les paquets non libres]]. |
* un [[https://salsa.debian.org/med-team/|projet Debian Med Salsa]] qui contrôle l'accès à tous les référentiels Git des paquets Debian Med * une page spécifique est disponible pour les [[DebianScienceSampleLetter|paquets non libres]] |
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* [[http://lists.debian.org/debian-med/|Debian Med]] - liste de la discussion générale ([[http://lists.debian.org/debian-med/|Archives]]) * [[http://lists.alioth.debian.org/mailman/listinfo/debian-med-packaging|debian-med-packaging]] - rapports et discussions sur les paquets ([[http://lists.alioth.debian.org/pipermail/debian-med-packaging/|Archives]]) * [[http://lists.alioth.debian.org/mailman/listinfo/debian-med-commit|debian-med-commit]] - rapports sur les envois vers le dépôt svn ([[http://lists.alioth.debian.org/pipermail/debian-med-commit/|Archives]]) |
* [[https://lists.debian.org/debian-med/|Debian Med]] - liste de la discussion générale ([[https://lists.debian.org/debian-med/|Archives]]) * [[https://alioth-lists.debian.net/mailman/listinfo/debian-med-packaging|debian-med-packaging]] - rapports et discussions sur les paquets ([[https://alioth-lists.debian.net/pipermail/debian-med-packaging/|Archives]]) * [[https://alioth-lists.debian.net/mailman/listinfo/debian-med-commit|debian-med-commit]] - rapports sur les envois vers le dépôt Git ([[https://alioth-lists.debian.net/pipermail/debian-med-commit/|Archives]]) |
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* [[DebianMed/Meeting/WeeklyCovid19|Vidéoconférences hebdomadaires sur la Covid-19]] | |
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=== Utilisation de Subversion et de Git pour maintenir en groupe des paquets === | === Utilisation de Git pour maintenir en groupe les paquets === |
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Nos dépôts de code source sont gérés dans les dépôts Subversion et Git. Chaque développeur Debian et membre du projet Alioth {{{debian-med}}} dispose des droits d'écriture. | Nos dépôts de code source sont gérés dans les dépôts Git. Chaque développeur Debian et membre du projet Alioth {{{debian-med}}} dispose des droits d'écriture. |
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Notre [[http://debian-med.alioth.debian.org/docs/policy.html|politique de groupe]] explique tous les détails. Pour les débutants, nous recommandons la lecture des pages suivantes : [[http://debian-med.alioth.debian.org/docs/policy.html#ssh-tips|SSH]], [[http://debian-med.alioth.debian.org/docs/policy.html#subversion-tips|Subversion]] et [[http://debian-med.alioth.debian.org/docs/policy.html#git-tips|Git]]. | Notre [[https://med-team.pages.debian.net/policy/|politique de groupe]] explique tous les détails. Pour les débutants, nous recommandons la lecture de la page [[http://debian-med.alioth.debian.org/docs/policy.html#git-tips|Git-tips]]. |
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1. A. Tille, S. Möller, M. Hanke, Y. Halchenko (2011) "[[http://people.debian.org/~tille/talks/201104_luxembourg/paper/debian-med.pdf|Debian Med - Integrated software environment for all medical purposes based on Debian GNU/Linux]]", [[http://www.medetel.lu/index.php?rub=proceedings&page=info|Med@Tel 2011]] | 2. A. Tille, S. Möller, M. Hanke, Y. Halchenko (2011) "[[http://people.debian.org/~tille/talks/201104_luxembourg/paper/debian-med.pdf|Debian Med - Integrated software environment for all medical purposes based on Debian GNU/Linux]]", [[http://www.medetel.lu/index.php?rub=proceedings&page=info|Med@Tel 2011]] |
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* [[debichem]], logiciels pour la chimie ([[http://debichem.alioth.debian.org/|Alioth]]) * [[http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open_source_healthcare_software|Liste assez complète de logiciels médicaux dans WikiPedia]] |
* [[debichem]], logiciels pour la chimie ([[https://salsa.debian.org/debichem-team/|Salsa]]) * [[http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open_source_healthcare_software|Liste assez complète de logiciels médicaux sur WikiPedia]] |
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* Le travail de l'équipe d'emballage de Debian Med dans [[http://qa.debian.org/developer.php?login=debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org|Debian]] et [[https://launchpad.net/~debian-med-packaging/+packages|Ubuntu]]. | * Le travail de l'équipe de packaging de Debian Med dans [[http://qa.debian.org/developer.php?login=debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org|Debian]] et [[https://launchpad.net/~debian-med-packaging/+packages|Ubuntu]]. |
Le projet Debian Med prépare des paquets associés à la médecine, la recherche pré-clinique et aux sciences de la vie. Ses développements se concentrent essentiellement sur trois domaines : la pratique médicale, l'imagerie et la bio-informatique.
Au cours des années, plusieurs initiatives ont mis à disposition une impressionnante quantité de logiciels dans les disciplines scientifiques comme la chimie ou la bio-informatique. Debian Med n'est pas un concurrent à ces efforts mais un noyau de développeurs et une plateforme pour permettre ces développements. Le but ultime de notre travail d'empaquetage est de rendre Debian, et donc les distributions dérivées dont Ubuntu, les meilleures plateformes possibles pour la recherche dans la médecine et les sciences de la vie. Comme les paquets sont préparés selon les standards de la politique de Debian et qu'ils ont contribué aux dépôts de logiciels de Debian et d'Ubuntu, le projet Debian Med est classé en tant que Debian Pure Blend.
Site internet : http://www.debian.org/devel/debian-med/
Pour transmettre les modifications, vous devez rejoindre le projet webwml sur Salsa
Les projets Salsa concernés :
La politique du groupe : https://med-team.pages.debian.net/policy/
Informations pour les utilisateurs finaux : sont collectées dans la Foire Aux Questions
Contact par courriel : <debian-med@lists.debian.org>
Nous sommes fiers des : paquets existants et à venir
Bogues des paquets de Debian Med : https://blends.debian.org/med/bugs
Les projets Ubuntu :
Les paquets non officiels pour Ubuntu : https://launchpad.net/~debian-med/+archive/ppa
L'équipe Launchpad : https://launchpad.net/~debian-med
Contribuer à Debian Med
Du développeur à l'utilisateur, il existe une nombre important de tâches qui peuvent accueillir des participants. Tout d'abord, nous devons rester informés du paysage informatique en biologie et médecine. Les logiciels à empaqueter sont choisis en fonction de critères tels que les besoins des utilisateurs et l'uniformité de la distribution. Une fois dans Debian, leur qualité est surveillée et leurs bogues sont corrigés, si possible en collaboration avec le(s) mainteneur(s) original(aux). Tout ce travail ne serait pas très utile s'il restait confidentiel. Nous consacrons également du temps pour présenter le projet grâce au site https://www.debian.org ainsi que du temps pour faciliter l'intégration de nouveaux membres grâce à ce wiki.
Si vous souhaitez aider à rendre les logiciels de médecine et de biologie disponible aux utilisateurs Debian, merci de nous contacter sur la liste debian-med@lists.debian.org. Les étapes suivantes sont décrites de façon plus complète dans notre document de politique d’équipe qui décrit le flux de travail dans notre équipe et devrait vous guider étape par étape dans les règles que nous avons convenu.
Si vous parlez une autre langue que l'anglais, vous pouvez contribuer dès à présent aux traductions des descriptions de paquets sur le projet de traduction de descriptions de Debian (DDTP). Lorsque vous travaillez sur celles-ci, vous trouverez les objectifs immédiats d'améliorations des versions originales en anglais, aussi. A ces fins, cependant, vous aurez besoin d'accéder au dépôt du code source de Debian Med. Les tutoriels sont les bienvenus, ils guident les utilisateurs Debian dans l'utilisation de paquets. Vous pouvez également envisager d'écrire des articles pour des magazines, qu'ils soient en ligne ou en version imprimée.
Il existe une liste de développeurs Debian Med actifs comprenant des données sur la motivation et l'activité dans le projet.
Si vous souhaitez contribuer à Debian Med, vous pouvez aussi vous reporter à la page des tâches à faire.
Si vous êtes un nouveau venu et que vous n’avez aucune idée de comment contribuer, vous apprécierai de rejoindre le le programme de mentorat du mois.
Même si vous n'êtes pas développeur de logiciels, vous pouvez nous aider à contacter les auteurs en amont pour libérer leurs logiciels. Ceci est coordonné sur la page de libération du logiciel.
Services pour les développeurs
Sites internet
un projet Debian Med Salsa qui contrôle l'accès à tous les référentiels Git des paquets Debian Med
une page spécifique est disponible pour les paquets non libres
Listes de diffusion et IRC
Debian Med - liste de la discussion générale (Archives)
debian-med-packaging - rapports et discussions sur les paquets (Archives)
debian-med-commit - rapports sur les envois vers le dépôt Git (Archives)
Les personnes qui connaissent le mot de passe administrateur des listes de diffusion Alioth sont AndreasTille, CharlesPlessy et NelsonOliveira.
IRC: #debian-med on irc.debian.org (OFTC)
Les projets communautaires
getData - automatisation du travail routinier pour le téléchargement et mise à jour des bases de données publiques .
DebianMed/LiveCD - preparation de Debian Med pour le nuage et de votre clé USB
Réunions
- Liens en anglais
Utilisation de Git pour maintenir en groupe les paquets
Nos dépôts de code source sont gérés dans les dépôts Git. Chaque développeur Debian et membre du projet Alioth debian-med dispose des droits d'écriture.
Notre politique de groupe explique tous les détails. Pour les débutants, nous recommandons la lecture de la page Git-tips.
Références
Lorsque vous utilisez Debian ou Ubuntu pour votre travail, vous trouverez peut-être approprié de citer l'une des publications suivantes:
S. Möller, H. N. Krabbenhöft, A. Tille, D. Paleino, A. Williams, K. Wolstencroft, C. Goble, R. Holland, D. Belhachemi, C. Plessy (2010) "Community-driven computational biology with Debian Linux" BMC Bioinformatics, 11(Suppl 12):S5
A. Tille, S. Möller, M. Hanke, Y. Halchenko (2011) "Debian Med - Integrated software environment for all medical purposes based on Debian GNU/Linux", Med@Tel 2011
Pages associées
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pkg-bioc, l’effort d'emballage des bibliothèques R pour le projet BioConductor
pkg-escience, l’effort pour fournir des paquets pour contrôler des services internet en bio-informatique
BOINC, les paquets Debian pour Berkeley Open Infrastructure for Network Computing, favorise la participation active dans la recherche biomédicale pour tout le monde simplement en contribuant au temps CPU.
outil de modélisation moléculaire rosetta
Voir aussi
Le travail de l'équipe de packaging de Debian Med dans Debian et Ubuntu.
DebianMedProspective: étude d'autres flux de production pour résoudre la crise de croissance à laquelle nous serons confrontés tôt ou tard.
- Revues en Open Access
- Biologie du génome
Bioinformatics (OUP)
In Silico Biology (une revue internationale complètement gratuite sur internet + impression , la plupart en phase avec les principes de Debian)
- Sites d'information
- Initiatives similaires
BioPuppy - Les dépôts Debian Med sont transformés en un LiveCD basé sur Puppy
Bio-Linux Les dépôts .deb
GoeBix LiveDVD de bio-informatique de Göttingen (existant)
BOSC Live CD (planifié)
BioNode, un goût de CloudBioLinux (l'ensemble des outils pour machine virtuelle de compilation)
- Catégorisation et évaluation de logiciels médicaux